火影忍者中的人物关系错综复杂，从家族血缘到师徒传承，再到敌对阵营的博弈，构成了游戏剧情推进的核心脉络。千手家族与宇智波家族的世仇贯穿整个故事线，两族从六道仙人时期便因理念分歧形成对立，这种对立在游戏中体现为木叶村内部的政治斗争和宇智波灭族事件的关键剧情节点。漩涡一族作为千手远亲，通过鸣人与佐助的羁绊延续了血脉联系，而日向家族的宗家分家制度则反映了忍界森严的等级观念。游戏通过任务对话和过场动画详细还原了这些家族间的历史纠葛，玩家需理解这些背景才能把握角色行为的动机。
师徒关系是另一条重要线索，三代火影与三忍（自来也、大蛇丸、纲手）的传承奠定了木叶的忍者体系，这种师承在游戏中表现为技能树系统和组合奥义的触发条件。波风水门作为卡卡西的导师，其飞雷神之术的传承影响着第七班的战斗风格，而鸣人跟随自来也修行的经历则解锁了仙人模式等关键技能。晓组织的成员多数存在叛逃经历，如宇智波鼬与干柿鬼鲛的搭档关系，实际暗藏着监视与制衡，这种表面合作下的紧张关系在游戏BOSS战中会通过特殊的联手机制呈现。
阵营对抗构成了人物互动的外部框架，五大国之间的合纵连横在游戏副本中表现为不同地图的势力分布。木叶与砂隐从敌对到同盟的转变，反映在我爱罗从早期BOSS变为可操作角色的设计上。晓组织作为贯穿始终的反派集团，其成员各自怀有不同目的，游戏通过章节任务逐步揭露佩恩、带土等人的真实立场。大筒木一族的介入将矛盾提升至忍界存亡层面，这种跨维度的威胁在游戏终局副本中形成独特的团队协作机制。
情感纽带是驱动剧情发展的重要催化剂，鸣人与佐助的羁绊线贯穿全部主线任务，其和解条件直接关联游戏真结局的开启方式。雏田对鸣人的单恋通过特定剧情对话影响好感度系统，而小樱在佐助叛逃后的心理变化则体现在医疗忍术的技能觉醒上。游戏用隐藏任务的形式呈现了诸如鹿丸与手鞠这类非主要角色的情感发展，这些细节需要玩家主动探索才能触发。
游戏机制巧妙地将人物关系转化为战斗策略，血继限界拥有者之间存在属性克制关系，如写轮眼对幻术的抗性在PVP中形成特殊对策。组织羁绊加成是队伍编成的重要考量，同小队成员同时上场能激活额外增益效果。某些特殊奥义必须满足特定人物组合才能释放，例如第七班的协同攻击需要鸣人、佐助、小樱同时存活。这些设计使得理解人物关系成为提升战力的必要条件。
通过任务系统逐步解锁的人物传记，是游戏补充原著设定的重要途径。每个可操作角色都包含关系谱系页面，详细记载其与其他人物的交集事件。资料库中的羁绊分类收录了角色间的特殊对话，这些内容往往暗示着后续剧情走向。完成全部人物关系拼图不仅能获得全收集成就，更是理解游戏深层叙事的关键所在。
